黄冠亚马逊栖息在各种地区─开放的林地、热带稀树草原、沼泽地、潮湿森林的边缘地带、农耕区及市郊等地区，大多生活在500至750m的低地内，通常成对或一小群约10-30只活动，但偶尔聚集300只以上，主要在树上觅食，但也会到玉米田寻找食物。
黄冠亚马逊通常4月进入繁殖期，繁殖期间有攻击性，尤其是公鸟为保护巢穴，在有人接近时通常很具侵略性， 发怒时甚至会攻击母鸟或幼鸟，尽量避免不必要的打扰，一窝约2-4颗蛋，孵化期约26-28天，2个月后羽毛长成。
黄冠亚马逊的亚种巴拿马亚马逊鹦鹉已列为华盛顿公约之一级保育鸟种，而黄冠亚马逊鹦鹉仍为附录二之鸟种，列入《世界自然保护联盟》(IUCN) ver 3 1 2009年鸟纲——低危(LC)。