蓝喉金刚鹦鹉生活于潮湿的雨林低地，野外数量极少。常与蓝黄金刚群集觅食，多为成对或一小群活动，通常筑巢于枯死的棕榈树洞内，因为树死后会被大型幼虫挖空。蓝金刚鹦鹉在连续的繁殖季节不会一直呆在同一个巢中，而是每年都会寻找不同的筑巢地点。在野外，喉金刚鹦鹉经常与蓝喉金刚鹦鹉、蓝绿金刚鹦鹉、绿翅金刚鹦鹉、啄木鸟、托科巨嘴鸟、仓鸮、蝙蝠和蜜蜂争夺树洞。自然栖息地的大规模森林砍伐减少了适合筑巢的树木数量。
蓝喉金刚鹦鹉通常每年繁殖一次，但如果丢失一枚蛋或雏鸟，可能会在同一繁殖季节产下第二窝。一窝由1-3枚蛋组成，孵化期为26天。小鸡孵化时重约 18 克，13 至 14 周后长出羽毛。离开巢穴后，年轻的蓝喉金刚鹦鹉仍会与父母呆在一起长达一年。在此期间，父母会跳过整个繁殖季节。蓝喉金刚鹦鹉在大约五岁时达到性成熟。
蓝喉金刚鹦鹉在野外极为稀有且濒临灭绝。它被世界自然保护联盟红色名录列为濒危物种。它也被列入 CITES 附录 I。蓝金刚鹦鹉受玻利维亚国家法律保护，因此诱捕它们是非法的。